当我们看到西进运动的成就时，千万不要忘记这同时是一个驱逐和残杀印第安人的过程。

印第安人原本是北美的主人，分属于600个左右不同的部落，过着原始社会的游牧生活。自从白人来到这块土地上后，就不断地侵占他们的土地，围剿和驱赶他们，把他们赶出自己的家园。印第安人举行了一次又一次的反抗斗争，早在17、18世纪时就有著名的彻罗基人之战（1670～1720）、菲利普王之战（1675～1676），及1763年的阿尔贡金人起义。

独立后，美国政府采取了强迫迁移的方法，以便为白人腾出越来越多的土地。印第安人不断地被赶往面积不大的贫瘠的保留地，而一旦在这种保留地里发现了什么矿藏，他们又被赶往其他的穷地方。

内战后，随着白人全面占领西部土地，与印第安人的冲突也急剧增加。有人做过研究，在美国建立后的128年中，联邦军队共进行过114次战争，参加过8600次左右的战斗与冲突，其中绝大部分是镇压印第安人的行动，而这些战斗大多是发生在内战以后。有一个特别惨烈的故事，发生在内战时期。1860年，在科罗拉多北部派克山脉附近发现了金矿，许多白人蜂拥而来，闯进了切恩涅族人和阿拉帕霍族人的保留区，并要求美国军队把这些印第安人赶走。

双方的冲突持续了3年，最终印第安人被迫放弃这块土地答应迁往科罗拉多东部一个较小的保留区。在迁移过程中，700多印第安人轻信了科罗拉多总督的诺言，到他指定的地点集中。当他们晚上入睡时，J·M·齐温顿上校率领的1000多民兵包围了这些印第安人，极其残酷地将他们杀害。一个目睹这次屠杀的商人在作证时说：这些印第安人“被剥去头皮盖，脑髓被敲出，士兵用小刀剥掉妇女的皮，用棍棒打小孩，还用枪敲打他们的头颅，割断他们的四肢”。

到1890年，美国历史上最后一次与印第安人的战争结束，印第安人的武装抵抗也从此结束。他们的人口从150万减至约25万人，他们在荒凉的保留地中过着饥寒交迫的生活。

美国政府剿灭印第安人的政策也引起了东部社会舆论的不满，一些人道主义者强烈地谴责灭绝种族的政策。甚至格兰特总统在1869年致国会的首次咨文中也说道：“企图用一系列办法来灭绝一个种族，这实在太可怕了；任何国家如果采取这种做法就不可能不招致整个基督教世界的义愤，还会促使自己的公民毫不在乎别人的生命财产，从而对社会造成极大的危险。”

1867年国会通过了《与仍在同美国作战的印第安人部落建立和平》的法案。1871年，联邦政府内政部拨款法案修正案中规定，所有美国境内的印第安部落不得被认为是独立的族群或国家。这是联邦政府对印第安政策的一个重大转折，印第安人名义上享有的主权被剥夺了，在法律上被置于美国政府的全面控制之下。另一方面，美国政府开始通过同化政策，企图逐步使印第安人成为美国公民。同化的重要手段是在印第安人聚居地创办学校。到19世纪80年代末，“每一个印第安保留地都有了自己的学校”。

各地都出现了“印第安人之友”的社团组织，他们出版了许多读物，要求政府改变对待印第安人的政策。1880年2月13日，《纽约论坛报》直截了当地提出了印第安人的人权问题，指出印第安人原来是这片土地上的主人，但他们却不享有人权。一年后，美国著名女作家海伦·亨特·杰克逊发表《一个可耻的世纪》一书，她向国会议员分发该书，引起极大的震动。

她写道：翻阅白人征服“印第安人的历史记录，无论翻到哪里，都是没有什么差别的，每页和每年都有其邪恶的污点。一个部落的历史就是所有部落的历史，不同之处只是时间和地点的不同，但是无论是时间还是地点都不会对主要事实有什么影响”。

她还说：“只要我们的边疆还剩下一平方英里土地掌握在弱小的、孤立无援的主人手里，就总有一个强壮无耻的移民企图去夺取它，而且还会有一个文质彬彬的政客为了获得选票和金钱在背后支持那个移民。”她呼吁美国人“良心发现”，并要求美国政府洗刷在这个可耻的世纪里留下的“污点”。

不过在19世纪里，人道主义的呼吁也好，政府的同化努力也好，都不怎么成功，印第安人长久地保留了自己的传统。一直到20世纪后期，这种同化才有了一些实质性的结果，但远没有达到预期的效果。印第安人的文化迟迟没有像黑人文化那样融入美国的主流文化，而仍然有相当大的独立性。